Theo Hiến chương Lâm thời của Costa Rica năm 1821 thì thủ phủ phải luân chuyển giữa bốn thị trấn chính: Cartago, San José, Heredia và Alajuela. San José tiếp nhận vai trò thủ đô lần đầu tiên từ Tháng Năm đến Tháng Tám năm 1822. Không lâu sau đó chiến tranh bộc phát giữa hai phe: nhóm bảo hoàng (tập trung ở Cartago và Heredia) và nhóm cộng hòa (chủ yếu ở San José và Alajuela). Nhóm thứ nhất muốn nhập Costa Rica vào Đế quốc México trong khi nhóm thứ hai chống lại, đòi độc lập. Dân quân phe Cộng hòa dấy binh đánh chiếm được Cartago rồi tuyên bố chuyển hẳn thủ phủ về San José cho đến năm 1834 thì trao lại cho thị trấn Alajuela. Dân Cartago bất bình lại nổi lên tấn công San José năm 1835 nhưng bị đánh bại.